Die Gemeinde entstand von Straubing her. 1841 erstritt sich der Konditor Georg Rehfuß als erster Protestant das Bürgerrecht in Deggendorf.
Die wenigen Evangelischen waren zunächst Beamte und Gewerbetreibende. Der Pfarrer hatte seinen Sitz in Straubing. Von dort aus war er neun Stunden unterwegs, wenn er in Deggendorf eine Beerdigung zu halten hatte. Nach Zwiesel, das ebenfalls zur Gemeinde gehörte, waren es sogar zwanzig Stunden. Schneller ging es erst, als im Jahre 1860 die Bahnlinie zwischen Straubing und Plattling und 1877 die Bayerische Waldbahn von Plattling über Deggendorf nach Eisenstein in Betrieb genommen wurden. Bau und Betrieb der Eisenbahn führten zudem etliche protestantische Bahnbedienstete in die Gemeinde.
Weil der zuständige Pfarrer nicht immer vor Ort sein konnte, vertrat der Evangelische Verein die protestantischen Angelegenheiten. Dieser war 1882 von engagierten Gemeindegliedern gegründet worden. Am Ostermontag 1875 wurde in Deggendorf unter Leitung des Straubinger Vikars Johann Meißner der erste evangelische Gottesdienst gefeiert. Weil kein kirchlicher Raum zur Verfügung stand, fand der Gottesdienst im Hotel "Drei Mohren" (heute: Commerzbank) statt.
Zu den nächsten Gottesdiensten versammelte sich die Gemeinde in Gasthäusern.
Im Jahre 1882 kaufte der Evangelische Verein ein Haus in der Amanstraße (heute Bäckerei Simeth) und richtete dort einen Betsaal ein. Nachdem dieser Saal schon bald viel zu klein geworden war, suchte der Evangelische Verein ein geeignetes Grundstück für den Bau einer "richtigen" Kirche. Erst 1896 gelang es, die städtische Lukaswiese zu erwerben, auf der dann am 31. Mai 1898 der Grundstein für den Bau der protestantischen Kirche gelegt wurde. Bereits am 29. Juni 1899 konnte die vollendete Kirche eingeweiht werden.
1901 erfolgte die Gründung des Evangelischen Kirchenchores.
Am 1. Juni 1918 wird Deggendorf durch Entschließung des Bayerischen Königs Ludwig III. zur selbständigen Pfarrei erhoben. Zum ersten Pfarrer von Deggendorf wird Hans Schaller ernannt.
Seither hat sich natürlich vieles geändert. Im 2. Weltkrieg gab es in Deggendorf eine zusätzliche evangelische Militärgemeinde.
Zahlenmäßig ist die Gemeinde nach dem Weltkrieg durch die vielen Vertriebenen und Flüchtlinge aus Schlesien stark angewachsen. Viele von ihnen haben sich in Metten niedergelassen. 1963 wurde dort die evangelische Christuskirche errichtet.
Das Gemeindegebiet ist durch Ausgliederung eigenständiger Gemeinden räumlich kleiner geworden. Neben den Deggendorfer Stadtteilen erstreckt sich die seelsorgerliche Verantwortlichkeit über die nördliche Hälfte des Landkreises Deggendorf. Zum 2. Sprengel gehören die Orte Schaufling, Lalling, Grattersdorf, Hunding und Grafling, zum 3. Sprengel mit der Christuskirche in Metten als Zentrum zählen Offenberg-Neuhausen und Bernried.
In den 70er und 80er Jahren ging die Zahl der evangelischen Christen wieder zurück. Anfang der 90er Jahre zogen Tausende von Spätaussiedlern, hauptsächlich aus Kasachstan, in die Gemeinden nach Niederbayern. Unsere Gemeinde ist daher bis heute überdurchschnittlich jung, und wir können sehr viele Taufen feiern. Lutz-Dieter Behrendt fasst dazu in "Deggendorf. Kleine Stadtgeschichte" 2017 zusammen: "Die evangelische Gemeinde und Organisationen in ihrem Umfeld, wie der 2010 gegründete Interkulturelle Verein Mostik (zu Deutsch: Brückchen), haben großen Anteil an der Integration dieser Neubürger.“
Das Verhältnis zur katholischen Kirche ist heute von freundschaftlicher, vertrauensvoller Zusammenarbeit geprägt.
1996 wurden der Neubau des Evangelischen Kindergartens und das neue Gemeindehaus (Georg-Rörer-Haus) bei der Auferstehungskirche eingeweiht. Dadurch entstand, nahe bei der Stadtmitte gelegen, ein evangelisches Zentrum, welches Pfarramt, Kirche, Gemeindehaus und Kindergarten umfasst.
Schließlich konnte am 1. Advent 2002 der Anbau an die Christuskirche in Metten, das Dietrich-Bonhoeffer-Haus, eingeweiht werden. Seitdem stehen auch in Metten zeitgemäße, ansprechende Gemeinderäume zur Verfügung.
Heute zählt die Evangelische Kirchengemeinde Deggendorf etwa 5.000 Mitglieder.